内視鏡検査などで菌がいると分かれば、除菌治療するという流れ（保険外診療の場合）が一般的です。除菌中に１～３割に軟便や下痢症状がある他、一時的に味覚がおかしくなる症状を訴える人もいます。除菌が成功する人は８割で、残り２割は再び薬を飲まなくてはなりません。
ピロリ菌は、感染した人の口や便などから出たものが、何らかの拍子に他の人の口に入って、主に幼少期に感染します。杏林大学の高橋信一教授によると、菌を洗い流す上下水道が十分に整わない時代に幼少期を過ごした６０代以上は、７～８割が感染しており、２０代は１割程度で、感染率の高い年代が胃癌になり易い年齢に差し掛かる頃です。
「ピロリ菌は、長い時間掛けて粘膜に働きかける。ある程度進んだら除菌でも元に戻らない場合もある」と指摘。除菌して経過観察が必要な人もいると言います。
除菌後に、胃酸過多で逆流性食道炎になる割合が、通常より高くなるという報告もあります。
| 検査だけで終わる場合 | |
| ↓ | ●内視鏡検査（約２万７千円） |
| ●呼気検査（約１万５千円） （試薬を飲む前と後の呼気を比べる） | |
| 除菌が必要となる場合 | |
| ↓ | ●抗菌薬と胃酸を抑える薬を １日２回、１週間飲む 内視鏡か呼気の検査で除菌出来たか 確認（約２万９千円～約４万７千円） |
| 再除菌が必要な場合 （１回目の治療で上手く除菌出来ず、 再び投薬が必要） | |
| ●２次除菌用の薬を飲む（約１万３千円） | |
料金は、北海道大学病院の場合。薬代は別に掛かる。
